De prachtige rifsystemen van Roatan en Utila trekken duikers van over de hele wereld aan, waardoor de Bay Islands een broedplaats zijn voor duikactiviteiten . Deze eilanden, onderdeel van het op één na grootste barrièrerif ter wereld, het Meso-Amerikaanse Barrièrerif , bieden levendige koraalriffen , veelkleurige tropische vissen , reuzensponzen en pelagische soorten. Duikers spotten vaak manta's , zeeschildpadden en, van half februari tot april, walvishaaien . De mariene biodiversiteit kan zich meten met die van regenwouden. Roatan is een topduikbestemming in Midden-Amerika , met Mary's Place, bekend om zijn smalle canyons, zwarte koraal, zeewaaiers en een overvloed aan zeeleven.