Gli straordinari sistemi di barriera corallina di Roatan e Utila attraggono subacquei da tutto il mondo, rendendo le Isole della Baia un alveare di attività subacquee . Parte della seconda barriera corallina più grande del mondo, la Barriera Corallina Mesoamericana , queste isole vantano barriere coralline vivaci, pesci tropicali multicolori, spugne giganti e specie pelagiche. I subacquei avvistano spesso mante , tartarughe marine e, da metà febbraio ad aprile, squali balena . La biodiversità marina rivaleggia con quella delle foreste pluviali. Roatan è una delle principali destinazioni per le immersioni in America Centrale , con Mary's Place rinomata per i suoi stretti canyon, il corallo nero, le gorgonie e l'abbondante vita marina.