La nature volcanique des îles conduit à d'incroyables formations sous-marines, découvrables uniquement en enfilant du matériel de plongée sous-marine et en plongeant dans les eaux cristallines. Il existe des dizaines de sites de plongée à explorer, chacun avec sa propre compilation d'une excellente diversité.
De nombreuses îles dispersées sont propices à la plongée sous-marine au large de la côte nord de Java, archipels de petites îles. Karimunjawa est un archipel particulièrement agréable, avec de beaux coraux protégés et plusieurs épaves.